為積極應對臺風“梅花”影響，保障安全有序運行，9月13日，鹽城南洋國際機場立即啟動了防汛抗臺應急預案，成立空管專業組、飛行區專業組、機坪專業組、航站區專業組和施工管理專業組5個專項小組，迅速將責任落實到崗、落實到人，各部門聞令而動，目前各項保障工作均有序進行。
    航務管理部時刻關注天氣變化，并及時發布氣象預報預警和臺風快報，對“梅花”路徑、影響范圍和強度等相關信息迅速通報。嚴格執行起降標準，重點關注空中繞飛、臺站單體、設施設備及天線的檢查加固工作。同時，做好飛行計劃和不正常航班信息通報。
   運行控制中心提前與航司聯系，做好提醒、告警及服務工作，并根據天氣預報積極聯系航司做好航班調時工作，9月13日已通知所有駐場航司駐場航班全部進行航空器系留，9月14日駐場航班已全部協調取消。
   飛行區管理部對飛行區內外水位情況及排水溝渠、強排泵適用性進行檢查。提前做好人員值班備勤安排，在臺風強降水期間，值班人員對飛行區排水溝渠、燈光站電纜溝等水位情況每小時進行觀察、通報。安排人員收回所有FOD桶、易倒伏驅鳥設備、不停航施工區域反光標志物和不適用地區燈光，防止形成FOD。
   機務保障部成立防臺應急工作小組，將重點車輛入庫，所有車輛手剎都已設置，輪擋都已擋好。所有機位反光錐已收回，輪擋已收入指定位置。清空機坪工作范圍易受影響的所有牽引桿，對所有工作梯系留，對所有航空器系留設備檢查正常。
   公共區管理部將候機樓氣窗及時關閉，并對室外各區域弱電箱進行了排查，確保鎖閉、固定，保證機場戶外設備的正常運行。
   安檢護衛部組織對旅客登機橋、道口伸縮門等開展專項檢查，將暫時無保障任務的登機橋降至2.5米，同時對登機橋前、后擋上輪擋。對道口的伸縮門和卷簾門進行檢查，確保設施設備無故障應對惡劣天氣的保障。

   物流公司將機坪保障期間非必要使用的車輛和無動力板車入庫或遠離機坪避風停放，將必須使用的無動力板車進行串聯，停放到指定區域，提高防風能力，待航班結束后將所有車輛和無動力板車入庫。為防止臺風大量降水，對進出港行李使用雨棚板車進行運輸，使用薄膜遮蓋進出港貨物，時刻做好行李貨物的服務工作。